1542년(중종 37) 풍기군수 주세붕이 고려의 유현 안향의 사묘를 세우고 1543년(중종 38)에 학사를 이건하여 백운동서원을 설립한 것이 이 서원의 시초이다. 그후 1544년 여기에 안축과 안보를, 1633년(인조 11)에는 주세붕을 추배하였다. 1550년(명종 5) 이황이 풍기군수로 부임해 와서 조정에 상주하여 소수서원이라는 사액과 《사서오경》 《성리대전》 등의 내사를 받게 되어 최초의 사액서원이자 공인된 사학이 되었다. 1871년(고종 8) 대원군의 서원철폐 때에도 철폐를 면한 47서원 가운데 하나로 지금도 옛모습을 그대로 간직하고 있다.
서원의 건물로는 명종의 친필로 된 소수서원이란 편액이 걸린 강당, 그 뒤에는 직방재와 일신재, 동북쪽에는 학구재, 동쪽에는 지락재가 있다. 또한 서쪽에는 서고와 고려 말에 그려진 안향의 영정(국보 111)과 대성지성문선왕전좌도(보물 485)가 안치된 문성공묘가 있다.
소수서원 입구의 소나무 숲이 대단하다. 죽계천 건너편으로 산책길이 좋으니 꼭 가보길 바란다.
